O Memorial dos Bispos, lançado em 1958, se opunha à "revolução social através da escola " e usava a Constituição Federal para atacar diretamente os órgãos do governo. Acusava Anísio de "extremista " e pedia ao governo da República sua demissão do INEP.

Em resposta, Anísio distribuiu à imprensa um documento no qual apresentava suas diretrizes como educador e administrador público. Recebeu, em apoio, um manifesto assinado por 529 educadores de todo o País e também a solidariedade do Cardeal Primaz da Bahia, Dom Augusto da Silva. Apesar da intensidade do conflito, Anísio não abdicou de suas idéias e foi mantido no cargo pelo então Presidente da República, Juscelino Kubitschek.