A luta de Anísio pela educação popular continuou intensa em toda a década de cinqüenta através de conferências, de livros, de manifestos e de sua gestão na administração pública. A polêmica em torno da Lei de Diretrizes e Bases da Educação Nacional ganhava, graças à sua atuação e a de outros educadores, maior espaço nos jornais, nas revistas e nos debates da Assembléia Legislativa e das associações de classe, como a Associação Brasileira de Educação(ABE).

Na gestão pública, Anísio assumiu em 1951, no Rio de Janeiro, a convite do ministro Simões Filho, a Secretaria Geral da Campanha de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior, que seria por ele transformada num órgão: a Comissão de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES). No ano seguinte, sucedendo Murilo Braga, acumularia também o cargo de diretor do Instituto Nacional de Estudos Pedagógicos (INEP), no qual permaneceu até 1964.