Como diretor do INEP, Anísio criou no Rio de Janeiro o Centro Brasileiro de Pesquisas Educacionais (CBPE), com o objetivo de coordenar estudos sociológicos, antropológicos, estatísticos e históricos sobre a realidade brasileira. Além deste, foram criados os Centros Regionais de Pesquisas Educacionais em Belo Horizonte, Recife, Salvador, São Paulo e Porto Alegre. Os Centros de São Paulo e Porto Alegre se articularam com as Universidades dessas cidades e o de Salvador com a Secretaria de Educação do Estado.

Esses Centros reuniram intelectuais nacionais e internacionais de renome que fizeram pesquisas sobre os temas mais variados como, por exemplo, a reconstituição histórica de aspectos da realidade brasileira, a urbanização, a industrialização e seus efeitos sobre a escolarização do país, a formação de docentes para o primeiro e segundo graus. O CBPE chegou a ter uma biblioteca de educação com 120.000 volumes e a editar uma publicação da maior importância para a área, a revista Educação e Ciências Sociais.