Eleito governador da Bahia, Otávio Mangabeira convida Anísio para Secretário de Educação e Saúde do Estado. Anísio não hesita em trocar a possibilidade de enriquecer como comerciante pela retomada da causa da educação pública em sua terra natal.Já como Secretário de Estado, luta para aprovar na Assembléia Legislativa seu plano de organização do sistema escolar. É dele o discurso que abre os debates sobre educação na Constituinte Baiana em 1947. Ainda nessa administração, Anísio criou e foi secretário-geral da Fundação para o Desenvolvimento da Ciência na Bahia. Seu objetivo com este órgão era fixar no seu estado natal, mediante longos contratos, cientistas promissores que realizassem pesquisas sociais. Chegou inclusive a estabelecer convênios com a UNESCO e a Columbia University nesse sentido, mas logo seria convidado a atuar na capital do País.
