Em dezembro de 1935, motivos políticos levariam Anísio a pedir sua demissão junto ao prefeito Pedro Ernesto. Em abaixo-assinado, seus colaboradores lhe prestam solidariedade. Muitos, como ele, são perseguidos e alguns acabam sendo presos. Anísio refugia-se no sertão da Bahia, região de Caetité, fazenda Gurutuba.

Já está afastado da vida pública quando edita Educação para a democracia: introdução à administração escolar (1936).

Entre 1937 e 1945, Anísio permanece na Bahia e se dedica à exploração e exportação de manganês, calcário e cimento; à comercialização de automóveis; à tradução de livros para a Companhia Editora Nacional e à correspondência com amigos, entre os quais Monteiro Lobato.