Em março de 1964, Anísio ocupava o cargo de Reitor da Universidade de Brasília. O governo militar recém-instaurado o afastou, porém, deste posto. Atingido por esse ato de força, embarcou para os Estados Unidos para lecionar como "visiting scholar" na Columbia University (1964), na New York University (1965) e na University of California (1966).

Nessa fase em que se viu forçado a abandonar a UnB, apresentou uma tese ao Conselho Federal de Educação, em que tratava de um de seus temas preferidos e recorrentes: a formação docente. Ao tomar conhecimento dessa tese, Alceu Amoroso Lima, também membro do Conselho, recordou o antigo antagonismo entre eles e celebrou sua admiração pelo ex-adversário. A vida muda os homens...

Ao retornar ao Brasil, Anísio continuou a dedicar-se à educação. Permaneceu integrado ao Conselho Federal de Educação até o final de seu mandato. Organizou e reviu coletâneas e reedições de antigos trabalhos: Pequena introdução à filosofia da educação (1967), Educação é um direito (1967), Educação no Brasil (1969) e Educação e o mundo moderno (1969). Tornou-se consultor da Fundação Getúlio Vargas e voltou a trabalhar na Companhia Editora Nacional.